クロマリーグのリーグチャンピオンを倒すことで

• バトルポケモン
• サポートポケモン
• ステージ
• 応援スキル

はすべて手に入ります（バトルに直接影響のある要素）。
ナビ衣装のみがアイアンリーグでトーナメントを終える必要があります。

グリーンリーグ制覇後にダークミュウツーとのバトルになりますが、こちらは敗北してもストーリーが続きます。
レッドリーグ制覇後に一旦フェルムリーグへの挑戦が中断され、再びダークミュウツーのイベントが発生します。イベントの最後にダークミュウツー（HP3000）とのバトルになり、こちらは次のリーグへ進むために倒す必要があります。

• サポートポケモン：エーフィ＆ブラッキー
• 応援スキル：共鳴特化型、追い込み型
• ナビ衣装：私服１、スポーツウェア
• 称号：グリーンリーグ制覇

• サポートポケモン：カラカラ＆ディグダ、ジラーチ＆エルフーン、グレッグル＆ニンフィア
• ステージ：テルルタウン（秋）、フェルム旧市街（冬）、お化け屋敷
• 称号：Cランク バトルトレーナー

• サポートポケモン：レシラム＆クレセリア
• 応援スキル：サポート特化型
• ナビ衣装：私服２、ドレス
• 称号：ブルーリーグ制覇

• サポートポケモン：パチリス＆コイキング、ムウマージ＆キュウコン、ロトム＆トゲキッス
• ステージ：ミステリーカーニバル、ネオスシティ（夜）、コイキング祭り
• 称号：Bランク バトルトレーナー

• サポートポケモン：レアコイル＆ヌオー
• 応援スキル：特殊型
• ナビ衣装：私服３
• 称号：レッドリーグ制覇

• サポートポケモン：カモネギ＆マルマイン、カイリュー＆ビクティニ
• 称号：Aランク バトルトレーナー

• バトルポケモン：ミュウツー

• サポートポケモン：イベルタル＆ラティオス
• 応援スキル：きまぐれ型
• ナビ衣装：ハロウィン
• 称号：クロマリーグ制覇

• バトルポケモン：ダークミュウツー
• ステージ：レジ遺跡、ブルードーム、龍の巣、ダークコロッセオ、ダークコロッセオ（ファイナル）
• 称号：リーグチャンピオン

• ナビ衣装：サンタ
• 称号：アイアンリーグ制覇

• 称号：グランドマスター